- 栏目:试验研究
- 作者:宋琳琳，陈红芝，毋柳柳，李畅，孟丽，孔维丽
- 关键词:香菇；重测序；单核苷酸多态性；插入缺失变异；群体遗传结构
- DOI:10.16861/j.cnki.zggc.202423.0723
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摘 要：为了对河南香菇主产区的主栽品种进行鉴定，并分析其遗传多样性，将河南主栽的23份香菇种质资源进行重测序，对单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphism，SNP）和小片段插入缺失（insertion-deletion，InDel）等数据进行统计和分析，并基于SNP变异对23份香菇资源进行遗传结构分析、进化树构建和主成分分析。结果表明，在23份香菇样本中，比对到参考基因组上的reads数目占总数的比例范围为72.53%~90.60%，样品平均测序深度范围为12.83~19.99，覆盖率范围为91.89%~99.32%。SNP位点共计14115075个，InDel共计1 909 516个。23份香菇样本的群体遗传结构及系统发育分析表明其包含3个谱系，遗传距离0.054 90~0.656 89，推测它们至少有3个祖先遗传成分。结合主成分分析法明确各菌种间的亲缘关系远近，证明了菌种分支具有明显的地域性。综合分析表明，以基因序列相似度、遗传距离差异及亲缘关系远近为主要依据特点，有助于对香菇地方品种命名和其特征特性关系的认识，促进优异种质资源的交流与利用。