美洲南瓜全基因组 InDel 标记的开发与应用

 摘 要：美洲南瓜（Cucurbita pepo L.）遗传多样性丰富、用途广泛，是具有较高经济价值的重要蔬菜作物之一。为系统开发其全基因组InDel 标记，对属于不同亚种的2 份美洲南瓜种质Jin-GL（C. pepo ssp. texana）和HM-S2（C. pepo ssp. pepo）进行了Denovo 测序，在每条染色体上筛选并成功验证了5 个多态性InDel 位点，共计开发了100 个标记。利用81 份南瓜材料对上述标记进行多态性检测，结果显示，供试种质遗传背景较为广泛（香农遗传多样性指数平均为1.00），标记多态性较高（多态性信息含量平均为0.56）。利用非加权组平均法（UPGMA）将81 份材料在遗传相似系数为0.65 时分为4 个类群，第Ⅰ类包含45 份材料，主要为ssp. texana 的蔓生观赏类型美洲南瓜种质；第Ⅱ类包含34 份材料，为ssp. pepo 的栽培类型美洲南瓜种质；第Ⅲ类为1 份野生南瓜种质；第Ⅳ类为1 份印度南瓜种质。从100 个多态性InDel 标记中选取10 个多态性最高的标记构建了指纹图谱。最后利用100 对引物对237 份美洲南瓜商品种（组合）进行了聚类分析，结果表明，在遗传距离为0.08 时，籽用类型呈现出独立成群的趋势；此外，无论是肉用类型还是籽用类型品种（组合），大部分均呈现出遗传背景较为狭窄的趋势。本研究结果为美洲南瓜种质资源的遗传多样性分析以及新品种选育提供了理论依据。