89份西瓜种质资源表型鉴定和遗传多样性分析

摘  要：以89 份西瓜种质资源为材料，利用形态学标记和西瓜SNP 高效液相芯片，结合多样性分析、群体结构分析、聚类分析和主成分分析等方法，对其遗传多样性进行系统全面的研究。结果表明，49 个表型性状Shannon 多样性指数的变化范围是0.42~3.00，平均值为2.32，其中描述型性状平均值为1.28，数量性状为2.82；33 个数量性状的变异系数变化范围为5.45%~72.59%，平均值为28.00%，变异系数最大的是果实质量（72.59%），其次是第一雌花节位（64.21%）和第一雄花节位（58.59%）。利用液相芯片对这89 份种质资源进行DNA 测序，得到60.2 Gb 的原始数据和401.3 Mb 的raw_reads 数据，质控后得到53.1 Gb 的数据和399.7 Mb 的clean_reads 数据，比对到参考基因组上的reads 数为332.4 Mb，平均比对率为82.97%，平均测序深度为923.7 X。群体结构分析显示89 份材料的最优群体结构数为2，主成分分析和系统发育树结果显示，在89 份材料中，药西瓜与饲用西瓜亲缘关系最近，栽培西瓜与饲用西瓜亲缘关系次之。长期的选择驯化使西瓜遗传背景变得十分狭窄，通过发掘野生西瓜资源，进而拓宽西瓜遗传背景，对西瓜抗病、抗逆以及株型改良等分子育种具有重要意义。